the_post_navigationで「次へ」や「前へ」が表示されず、もしくは何記事も飛ばしてページングする!ということがあったらこれが原因かも。
the_post_navigationは「投稿日の時間」で次の投稿を探します。同じ「時間」の記事は飛ばしてしまうという性質があるんです。…です…です…です…です…です…………………
つまり、プラグインなんかで記事を「複製」すると、投稿日の時間が同じ記事が出来上がってしまい、the_post_navigationでは飛ばされてしまうわけですな。
なので1分でもいいから、「投稿日」を変えてやるといいです。