よくあるのはpositionの設定で
relaytiveとかabsoluteを使っていると、その部分がウィンドウサイズを変えるたびにずれてしまうという現象がある。
古い記事だが参考ページ。
http://css-bug.jp/win/nn/0003/

しかしこれでも直らないことがあった。
自分で設計したCSSでなかったため、原因がなかなか掴めず苦労した。
なんと！bodyにwidth指定がされていたのが原因だった。bodyのwidthを絞ってセンタリングさせていたようだ…。
すぐさまframeのdivを設定してセンタリングさせてやったら直った。

こういう怖い話もあるもんだ。